荧光笔的荧光跟手表、荧光棒的荧光原理不相同，荧光棒是内部发生放射性反应，产生的射线激发外周的荧光粉发光，因此它们在夜里没有任何紫外线的情况下都能发光。而荧光笔则一定有紫外线情况下才会发荧光，这一点只要把荧光笔的笔迹靠近捕蚊灯、验钞机就可以看得非常清楚。
荧光笔是用来做记号的笔。它用厚而浅的墨水覆盖并标记关键部位。标记后，文本不会一目了然。荧光笔上有荧光剂。遇到紫外线（日光、荧光灯、水银灯多），会产生荧光效果发出白光，使颜色看起来像耀眼的荧光感，常用于办公室学习。
紫外线荧光油墨的重要原理是向油墨中添加具有紫外线刺激的可见荧光化合物。原子的光能产生原子的能级跳跃，然后释放额外的吸收能。防伪的特征是紫外线（200nm400nm）的红、黄、绿、蓝（4000）nm800nm）的可见光。该墨水分为有色和无色，有长波（365nm）和短波（254nm）两种。荧光颜料是有机复合体，研磨微细化，发光率高，通常无色或淡白色，紫外线（200nm）
荧光笔是近几年新出的做记号用的笔用较粗、较淡的墨水覆盖关键部位来做记号,做上记号后,不遮挡住文字一目了然。最重要的作用是:用荧光笔做过记号的文件,在复印的时候,看不出曾经做过记号， 荧光笔书写简单，方便擦拭，字迹清晰。色彩鲜艳亮丽，有多种颜色供书写绘画。在适用荧光板的同时，还可以在白板等普通面板上写画。可反复使用。
荧光笔使用完毕之后，应当立刻拧紧荧光笔的笔帽，以免影响荧光笔的使用效果。天气炎热的时候，不要在风扇的下面书写，很容易造成荧光笔的笔头发干，书写不流畅，更不能在过于干燥的情况下不盖上笔帽，这会严重影响荧光笔的使用寿命和使用效果。在书写的时候，荧光板表面应当光洁干净，不能有尘土等杂质，否则写出来的字迹和图画会断断续续，很不漂亮。
